Ở cách biểu diễn ma trận này, ma trận sẽ không biểu diễn được:
Đồ thị có cạnh song song
Ưu điểm lớn nhất của phương pháp biểu diễn đồ thị bằng ma trận kề là để trả lời câu hỏi: Hai đỉnh u,v có kề nhau trên đồ thị hay không, chúng ta chỉ phải thực hiện một phép so sánh.
Nhược điểm lớn nhất của phương pháp này là: không phụ thuộc vào số cạnh của đồ thị, ta luôn phải sử dụng n^2 đơn vị bộ nhớ để lưu trữ ma trận kề của nó.
